2016年3月，中央军委国防动员部部长盛斌在两会期间表示，按照以往相关法律规定，省军区系统是同级党委的军事部、地方政府的兵役机构、当地驻军的协调机关。此次军改中，省军区转隶划归军委国防动员部领导管理。

大陆方面4日宣布启用穿越台湾海峡的M503北上航线以及从厦门、福州、东山到M503之间的三条连接航线。这本是大陆的正常民航线路安排，却遭到台湾当局的激烈非议。台陆委会、“国防部”等宣称该航线的开通威胁到台湾的空防安全，要求大陆立即停止使用该航线。这种无理要求当然不会被大陆方面接受。

《多地出台落户新政降低门槛，释放什么信号？》分析人士指出，这些分歧都不可避免地会为试探性谈判带来一定负面影响。要想谈判顺利进行，各方恐怕都需要作出不小的妥协。